A Tüdőgyógyászati Klinika kilenc és fél évtizedes múltra tekinthet vissza. A XIX. században az európai felnőtt korú lakosság több, mint 90%-a esett át valamilyen formában tbc-s fertőzésen, Magyarországon a XX. század első évtizedeiben napi 200 ember halt meg tbc következtében. Sorban alakultak az országban tüdőbeteg-szanatóriumok, melyek a tbc-s betegség elleni küzdelem központjaivá váltak. Sürgető szükség volt a Kelet-Magyarországi régióban is ilyen szanatórium létrehozására. Tüdős Kálmán, Debrecen város egykori tisztiorvosának javaslatára, a Szanatóriumegyesület és a Debreceni Kerületi Munkásbiztosító Pénztár kezdeményezésére, valamint a városi lakosság összefogásával épült meg Jendrassik Alfréd tervei alapján a „Nagyerdei Népszanatórium”, amely akkor a jellegzetes kúrafolyosós struktúrájával korszerűnek számított. Az országban harmadikként, 1914-ben adták át a szanatórium épületét, amely 175 ággyal kezdte meg a tbc-s betegek kezelését.

Abban, hogy a „Nagyerdei Népszanatórium” létrejöhetett jelentős szerepe volt Auguszta Mária Lujza (1875-1964) osztrák főhercegnő, magyar királyi hercegnének.

Az Auguszta az I. világháborúban Hadikórházként működött. Az I. világháború után a szanatórium egy részében a Tudományegyetem Orvosi Kara részére épülő klinikák közül a Belgyógyászati és Sebészeti klinikákat, valamint a Központi Röntgenintézetet helyezték el ideiglenesen. Ezek a részlegek 1923-ban költöztek ki a szanatóriumból. Az ágylétszám ekkor 250 volt és kizárólag tbc-s betegeket ápoltak rajta. 100 ágy azonban üresen maradt, mivel a betegpénztár nem fizette az ingyenes betegek ápolását. 1926-ban tbc-s sebészeti osztály is létesült és ennek következtében az ágylétszám 320-ra emelkedett. Az intézet vezetője 1914-1943 között Dr. Geszti József egyetemi magántanár, az egykori Korányi tanítvány volt.

A II. világháború után a szanatórium Állami Tüdőbeteggyógyintézetként működött. Majd TBC Klinika néven a Debreceni Orvostudományi Egyetemhez csatolták, 1968-tól mint Tüdőklinika működik. Ennek a kornak jeles személyisége Pongor Ferenc (1904-1993), aki 1927-1975 között dolgozott az intézetben, 1943-ban magántanári címet kapott, és az Auguszta szanatórium igazgatója lett. 1955-ben kezdeményezésére indul el az Auguszta DOTE-hoz való csatlakozása. Kiemelkedő eredményeket ért el a chromogén mycobacteriumok mikrobiológiai és klinikai vonatkozásainak vizsgálatával. 1966-tól egyetemi tanári címet szerzett. Ezen időszakban mint feltörekvő tüdőgyógyászok szereztek hírnevet a szakmának Dr. Szilágyi János, Dr. Kasza Lajos, Dr. Bene Julianna, Dr. Faragó Eszter, Dr. Vezendi Sándor.

Az Állami Tüdőgyógyintézet (korábban Auguszta Szanatórium) sebészeti osztályának élére 1948-ban nevezték ki Schnitzler Józsefet. Az intézet és azon belül a sebészet a kor követelményei szerint kezdetben extrapulmonalis tbc-vel is foglalkozott, később vegyes profilúvá vált, kiegészült általános sebészeti és szívsebészeti tevékenységgel, ennek megfelelően 1973-tól már az egyetem II. Sebészeti Klinikájaként működött.1975-ben az Auguszta területén a III. Belgyógyászati Klinika kezdi el ténykedését Dr. Szegedi Gyula akadémikus irányításával.
A XX. század végi időszak kiemelkedő egyénisége a Klinika élén Dr. Mihóczy László (1927-2002), igazgatósága alatt 3 kandidátus, 1 akadémiai doktorátus születik.

Az 1980-s években folyamatosan fejlesztették a kardiológiai profilt, így 1994-től mint Szív- és Tüdőklinika működik tovább az intézet Édes István vezetésével, a pulmonológiai szakma vezetője Dr. Vezendi Sándor és Dr. Szilasi Mária volt. 1999-ben válik szét a korábbi Szív- és Tüdőklinika, jogutódja a Kardiológiai Klinika, a Tüdőgyógyászati Klinika mint önálló új intézmény funkcionál. 1999-től a klinika igazgatói posztját Dr. Szilasi Mária látta el, 1999-2002 között mint megbízott klinikaigazgató, majd 2002. augusztus 01-től mint kinevezett klinikaigazgató irányította a klinika gyógyító, oktató és tudományos munkáját 2018. október 16-ig. 2018. október 16. óta Dr. Bittner Nóra igazgatónő vezeti a klinikát.

Az Auguszta projekt keretében a Tüdőgyógyászati Klinika 2006 tavaszán új helyre, a volt Neurológiai klinika felújított épületébe költözött, ahol igen korszerű, a követelményeknek megfelelő körülmények között működik.